Ο Θεόδωρος Καρούνος είναι ερευνητής στο Εργαστήριο Διαχείρισης και Βέλτιστου Σχεδιασμού Δικτύων και στην διεπιστημονική ερευνητική ομάδα για την Τεχνολογική, Οικονομική και Στρατηγική Ανάλυση της Κοινωνίας της Πληροφορίας INFOSTRAG. Από το 1979 έως σήμερα έχει εργαστεί ως αναλυτής-προγραμματιστής, έχει υπηρετήσει σε θέσεις με αρμοδιότητα το σχεδιασμό και υλοποίηση πληροφοριακών συστημάτων καθώς και ως επιστημονικός συνεργάτης για το σχεδιασμό και τεκμηρίωση πολιτικών σε θέματα πληροφορικής και τηλεπικοινωνιών.